Ministeeriumi valitsemisalas on riigi sisejulgeoleku tagamine ja avaliku korra kaitsmine, riigipiiri valvamine ja kaitsmine ning piirireziimi tagamine, kriisireguleerimise, riigi tegevusvaru ning päästealatööde, kodakondsuse ja migratsiooni ning kirikute ja kogudustega seotud asjade korraldamine, kohaliku omavalitsuse arendamine, regionaalhalduse ning regionaalarengu kavandamine ja koordineerimine,ruumilise planeerimise alase tegevuse üleriigiline korraldamine ja järelevalve, andmekaitse- ja perekonnaseisualased küsimused ning vastavate õigusaktide eelnõude koostamine.